Verso la metà del ’600 si evidenziano le prime manifestazioni della nuova cultura nell’Italia meridionale. L’autentica rottura dalla tradizione scolastica si registra con l’ingresso a Napoli delle idee di Bacone, Grozio, Galileo, Gassendi, Cartesio, che diventano il vessillo della modernità. Con l’inserimento del pensiero scientifico e metodologico galileiano e cartesiano, prende slancio una cultura spiccatamente antigesuita, antiscolastica e antigalenista in medicina.

Il cartesianesimo è innanzitutto una filosofia della mente e della ragione umana portatrice di una concezione più libera e creativa della realtà dell’uomo, del rapporto uomo-Dio e uomo-natura. Cartesio e Galileo, con il supporto del platonismo influenzano sia gli ambienti scientifici che quelli giuridico-umanistici del Regno: osservazione, esperimento, metodo quantitativo sono le parole d’ordine di una nuova mentalità civile.

Tra gli scienziati che si professano cartesiani e galileiani troviamo il medico napoletano Alfonso Borelli e il matematico medico e filosofo Tommaso Cornelio, divulgatore della conoscenza di Cartesio e di Gassendi: è con Cornelio che si realizza il primo significativo incontro tra la tradizione filosofica e scientifica toscana e la cultura meridionale. Anche Luca Tozzi, successore di Cornelio all’Università di Napoli ha una parte rilevante nella disputa fra galenisti e difensori della scienza moderna.

Le due matrici principali della cultura platonico-cartesiana napoletana di fine ’600, quella medico-scientifica e quella giuridico-amministrativa, si unificano nelle tesi sostenute dall’Accademia degli Investiganti che ha come principio quello della libertà dell’indagare. Ad essa partecipano oltre a Tommaso Cornelio, Leonardo Di Capua, Lucantonio Porzio, Francesco D’Andrea. Essi sono il nucleo di quella scuola medica investigante che anticipa per più aspetti una concezione moderna e pragmatica della scienza.

Ma la diffusione delle nuove idee filosofiche e scientifiche diventa presto emblema della guerra alla tradizione, suscitando la reazione degli scolastici. Le polemiche non restano sul piano scientifico e letterario, ma si concretizzano spesso in persecuzioni, minacce e arresti. La disputa filosofica si allarga al campo religioso, sia per il paventato pericolo dell’atomismo gassendista sia perché il cartesianesimo, visto in origine nel suo aspetto scientifico, appare poi “il padre spirituale del giansenismo”.

Anche in Puglia troviamo figure di ricercatori che risentono dell’impronta galileiana nei loro studi. È il caso di Vitale Giordano, matematico e astronomo bitontino, e del chierico altamurano Giuseppe Carlucci, che si scaglia contro le ingerenze della Chiesa nelle questioni astronomiche, rivendicando la libertà dei filosofi.

Un caso a parte, significativo del difficile percorso della ricerca in Puglia, è quello di Giacinto Gimma, personaggio abbastanza noto nella vita intellettuale italiana del suo tempo, aperto ai nuovi indirizzi scientifici, sensibile alle sollecitazioni sperimentali, ma insieme legato da pregiudizi e da atteggiamenti di grande prudenza, e attento a mostrare sempre la sua adesione, sia pur illuminata, all’ortodossia cattolica. Attraverso intensi scambi epistolari con intellettuali di tutta Italia e la collaborazione al periodico scientifico Galleria di Minerva, Gimma si pone, per una breve stagione, come interlocutore meridionale della cultura veneto-padovana.