La Sezione manoscritti della Biblioteca comprende documenti cartacei e pergamenacei di argomento prevalentemente pugliese, raccolti da Gennaro De Gemmis con l'intento di formare il primo nucleo di un archivio storico della Puglia. Dagli anni della donazione ad oggi, la sezione è andata arricchendosi di nuovi archivi donati o acquisiti da parte della Provincia. Attualmente la sezione manoscritti è suddivisa in fondi riconoscibili dal nome dello storico o del personaggio da cui proviene.
Fondo De Gemmis. La raccolta, descritta sommariamente in un inventario redatto dallo stesso De Gemmis e da uno schedario alfabetico per soggetto, si compone di documenti riguardanti Bari, i centri della provincia, famiglie nobili, atti notarili, benefici ecclesiastici, stato civile della popolazione, bilanci, per un totale di 378 buste. Nella sezione è conservato un altro inventario manoscritto autografo del De Gemmis, risalente al 1937, corredato di stemmi ed alberi genealogici di famiglie pugliesi, disegnati e dipinti dallo stesso storico terlizzese.
Fondo pergamenaceo. Parte integrante di notevole entità del nucleo originario della donazione De Gemmis, esso è costituito da duecentocinquanta pergamene datate tra il XII ed il XVIII secolo, contenenti atti pubblici e privati di vario argomento. Fanno parte del fondo anche pergamene del XIX secolo, diplomi di laurea di personaggi pugliesi e dispositivi di chiese locali. Un nuovo ordinamento archivistico, pur nel rispetto dell'organizzazione data alle carte dal De Gemmis, fu effettuato nel 1986 dalla Soprintendenza Archivistica della Puglia, producendo un nuovo inventario e il regestario di tutto il fondo pergamenaceo
Fondo Vista. Composto dalle carte dello studioso barlettano Francesco Saverio Vista (1843-1919), fu acquisito direttamente dal de Gemmis. E' formato da circa settemila carte suddivise in fascicoli per un totale di 18 buste. Le carte, riguardanti esclusivamente la città di Barletta, il suo territorio ed i suoi abitanti, sono per la maggior parte slegate e composte da trascrizioni, studi e ritagli di giornali
Fondo Beltrani. Comprende le carte dello studioso tranese Giovanni Battista Beltrani (1848-1932), e fu acquistato direttamente dalla Provincia di Bari nel 1959. In esso si trovano trascrizioni di pergamene e atti riguardanti la Puglia eseguite dal paleografo tranese nel Grande Archivio di Napoli, per un totale di 72 buste.
Fondo Colavecchio. Pervenuto in Biblioteca nel 1960, contiene materiali manoscritti di argomento storico e socialista, raccolti dall'avvocato Francesco Saverio Colavecchio (1863-1927), politico e studioso delle memorie e della storia pugliese, direttore della Biblioteca Nazionale di Bari “Sagarriga Visconti Volpi” dal 1918 al 1921.
Fondo Rogadeo. Pervenuto in Biblioteca nel 1960, è così denominato dalla originaria appartenenza a Giovanni Vincenzo Rogadeo (1834-1899), nominato da Giuseppe Garibaldi primo Governatore della Provincia di Bari, poi sindaco di Bitonto e senatore del Regno. Il fondo contiene atti strettamente legati agli incarichi pubblici ricoperti dal Rogadeo ed all'opera da lui svolta a favore dell'Unità d'Italia, per un totale di 4 buste.
Fondo Lucarelli. Dietro disposizioni testamentarie dello stesso Antonio Lucarelli (1874-1952), socialista e storico, la raccolta bibliografica ed archivistica è stata donata nel 1961 dagli eredi Cirielli di Acquaviva delle Fonti. Il fondo archivistico è costituito da manoscritti di studi sul Risorgimento, sul brigantaggio e il socialismo, per un totale di 18 buste.
Fondo La Sorsa. Donato nel 1962 dallo stesso professor Saverio La Sorsa (1877-1970) studioso di storia e folklore pugliese. Il fondo è costituito da manoscritti di folklore e tradizioni popolari, per un totale 8 buste.
Fondo P.D. Pesce. Donato nel 1995 contiene documenti riguardanti la sua vita pubblica e privata. I diversi Fondi sono consultabili tramite inventari a stampa ed elettronici.
